益生菌不但能夠讓消化系統運作順暢，也能減少過敏反應。一項刊登在《臨床與實驗醫學》期刊（Clinical and Experimental Allergy）的研究發現，過敏患者喝下益生菌飲料後，體內引起過敏反應的抗體量顯著降低。Gordon指出，益生菌能夠幫助人體分辦何時該釋放抗體、何時按兵不動更為適當。
不過，在大吃富含益生菌的優格或是發酵蔬菜之前，還有一些事情要注意：對部分的人來說，乳製品中特定的蛋白質和天然組織胺，可能會加重過敏症狀。因此，過敏患者一開始應先少量攝取並觀察是否有過敏反應，才能確定這些食物是否也需避免食用。
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